97年以来，新增国际合作项目24项，延续项目10项，共获科研经费两千多万元。认真抓好合作项目是扩大对外合作与交流的前提，我所在严格的完成合同规定的研究任务的同时，争取多出成果，多出效益。

多年来,选育和发展双低优质油菜，从根本上改良人民生活的食用油品质和发展畜禽业短缺的优质植物蛋白饲料，提高油菜的经济效益，是当今国内外油菜生产发展的方向及重点攻关研究项目。我所分别同世界粮农组织和国际原子能机构建立了“优质油菜育种改良”的合作研究项目，参加欧盟合作项目“利用生物技术综合发展防治菌核病”的研究，以及2000年启动的中日合作项目“湖北省优质油菜品质改良研究”，直接引进资助经费达1000万元，同时引进了研究所需的高精仪器及有关贵重药品试剂，改善了我所的研究条件，加速了我所油菜育种研究的进展。通过与瑞典农业大学合作，首次发现病原真菌克服芸苔属植物硫苷—芥子酶这一经典植物防御系统的分子机制，与丹麦皇家兽医与农业大学合作，期望利用基因工程技术改变芸苔属植物硫苷种类和含量，创造抗病虫油菜或富集具有抗癌效果硫苷的芸苔属植物。

我所在花生研究上，与国际半干旱研究所和澳大利亚国际农业研究中心等国际组织建立了长期稳定的合作关系，开展了花生青枯病研究、花生条纹病毒合作研究和中国根瘤菌资源开发等研究项目。通过与国际半旱所的合作，促进了我所在花生青枯病的防治与研究工作，使我所在利用花生抗病性防治青枯病危害方面居于世界领先地位；通过花生条纹病毒国际合作研究使我所在应用基因工程选育新品种研究方面提高到一个新的水平，使我所成为继美国和澳大利亚之后又一个获得转基因花生的研究所。同时该合作项目为我所培养了从事生物技术研究的人材，该合作研究对我国花生条纹病毒、花生矮化病毒壳蛋白基因克隆和序列进行了分析，首次发现了我国花生矮化病毒株系独自构成一个新亚组，是获得2001年国家科技进步二等奖研究成果的主要内容之一。

我所与美国依阿华大学、国际亚蔬中心和其他国家及机构在大豆合作研究方面建立了密切的合作关系。几年来，共有四项关于大豆资源、育种、抗病及生物固氮方面的合作研究在本所立项开展工作，包括大豆锈病和种质遗传分化评价及创新、中国大豆根瘤菌与发酵技术及中国大豆种质资源开发等。对大豆锈病的研究已取得重要进展，受到国内外同行的广泛关注并获得农业部科技进步三等奖；通过对中国大豆种质固氮性状的鉴定研究，评价出固氮酶活性高、固氮能力强且抗病性强的优异种质资源，为选育大豆高产优质抗病品种提供了基础和依据